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2018-11-07Merge branch 'master' into core-updatesMarius Bakke
2018-11-07gnu: fio: Update to 3.11.Marius Bakke
2018-11-07gnu: ceph: Update to 13.2.2.Marius Bakke
2018-11-07gnu: kaiju: Update to 1.6.3.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: kaiju: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: idr: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: java-htsjdk: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: hisat2: Use versioned source URL.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: grit: Update to 2.0.5.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: grit: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: gemma: Update to 0.98.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: gemma: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: clementine: Build with sqlite-with-column-metadata.Pierre Langlois
2018-11-07gnu: fxtract: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: ribodiff: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: python-biom-format: Update to 2.1.7.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: python-biom-format: Fetch source from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: bioawk: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: bedtools-2.18: Fetch sources from stable URL.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: bamtools: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: ngless: Install links to required tools.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: prodigal: Fetch sources from git.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: rocksdb: Update to 5.15.10.Marius Bakke
2018-11-07gnu: rocksdb: Don't use unstable tarball.Marius Bakke
2018-11-07services: cuirass: Add 'ttl' configuration field.Ludovic Courtès
2018-11-07gnu: cuirass: Update to 0b40dca.Ludovic Courtès
2018-11-07linux-initrd: Make sure 'build-initrd' can delete files.Ludovic Courtès
2018-11-07gnu: r-mzr: Update to 2.16.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-rhdf5lib: Update to 1.4.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-hdf5array: Update to 1.10.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-rhdf5: Update to 2.26.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-rcas: Update to 1.8.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.4.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-scran: Update to 1.10.1.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-scater: Update to 1.10.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-singlecellexperiment: Update to 1.4.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-beachmat: Update to 1.4.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-qvalue: Update to 2.14.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-hitc: Update to 1.26.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-fithic: Update to 1.8.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-sushi: Update to 1.20.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-gwascat: Update to 2.14.0.Ricardo Wurmus
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2018-11-07gnu: r-gqtlstats: Update to 1.14.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-ldblock: Update to 1.12.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-erma: Update to 0.14.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-snpstats: Update to 1.32.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-gqtlbase: Update to 1.14.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-ggbio: Update to 1.30.0.Ricardo Wurmus
2018-11-07gnu: r-biovizbase: Update to 1.30.0.Ricardo Wurmus
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